在近未来，城市被神秘组织“暗影教”控制，他们利用特殊粒子技术操纵人类意识。普通青年小野寺翔意外获得失传的ZEZTZ驱动器，化身假面骑士ZEZTZ。他必须在72小时内击败暗影教的四大干部，否则城市将陷入永久黑暗。战斗中，ZEZTZ不断解锁新形态，从基础的火炎形态到最终的光暗融合形态。最终决战中，小野寺发现暗影教首领竟是自己失踪的父亲，一场关于亲情与正义的终极对决就此展开。