东京塔在午夜前夕收到神秘预告函，声称将引爆全城。柯南与少年侦探团、毛利小五郎深入调查，发现线索指向一位被科学界遗忘的天才博士，他因研究成果被窃取而展开复仇。追查途中，黑衣组织横加阻挠，灰原哀的真实身份也险些暴露。柯南凭借缜密推理，识破博士利用声波共振引爆的诡计，并联合阿笠博士的发明化险为夷。真相揭开后，博士被柯南的话语感化，放弃复仇。整个故事融合悬疑、动作与情感，柯南的智慧与正义感令人动容，是剧场版中不可错过的经典。