第二季中，超人在保护大都会的同时，发现氪星遗物引发连锁反应，一名自称“氪星领主”的神秘反派现身，企图利用氪星科技重塑地球。克拉克必须在露易丝和乔·艾尔的帮助下，揭开领主身份背后的惊人真相——此人竟是卢瑟用氪星基因改造的克隆体。战斗从城市街头延伸到太空，超人体能极限被挑战，最终借助太阳耀斑爆发之力逆转战局。本季探讨了身份认同与责任，动作场面升级，情感冲突更烈。